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上海艾茵精密儀器科技有限公司
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Orbitrap自發(fā)明起,就一直是科學(xué)家實(shí)現(xiàn)世界頂ji科研突破的有力伙伴。
今天就讓我們來一探全球ding尖PI更近發(fā)表的文章和技術(shù)成果,看看Orbitrap技術(shù)是如何助力頂ji科研的:
2 基于Orbitrap的全新方法學(xué)研究,創(chuàng)新開發(fā)BoxCar數(shù)據(jù)采集方式
為了應(yīng)對蛋白質(zhì)組學(xué)中的動態(tài)范圍挑戰(zhàn),Mann Lab更近開發(fā)了 “BoxCar”的數(shù)據(jù)采集方法(Meier et al., Nat. Methods, 2018),這顯著提高動態(tài)范圍大的樣本中的蛋白鑒定深度,例如血漿或組織樣本(Geyer et al., Cell Syst., 2018, Doll et al., Nat Commun., 2017)。
Orbitrap質(zhì)譜儀在靈敏度和采集速度方面取得了很大進(jìn)展,使蛋白質(zhì)組覆蓋深度范圍越來越廣。然而,這些進(jìn)展主要局限于MS2水平,而用于MS1掃描的離子采集仍然非常低效。Mann Lab介紹了一種數(shù)據(jù)采集方法,稱為boxcar,一級全掃時(shí)采用分段累積的方法,使得平均離子注入時(shí)間相較標(biāo)準(zhǔn)全掃描增加10倍以上。對一個(gè)人類癌細(xì)胞系進(jìn)行1h分析,該方法鑒定到之前在24個(gè)組分中鑒定到的90%以上的蛋白質(zhì),并且定量到了6200多個(gè)蛋白。在小鼠腦組織中,僅在100 min內(nèi)就檢測到超過10000種蛋白質(zhì),并將靈敏度擴(kuò)展到低阿摩爾級。
如今Boxcar技術(shù)已經(jīng)全面搭載于全新的:
Thermo Scientific? Orbitrap Eclipse?
三合一質(zhì)譜平臺
2 多組學(xué)研究進(jìn)展:為建立調(diào)控潛能性狀態(tài)轉(zhuǎn)變的模型機(jī)制奠定了基礎(chǔ)
多潛能干細(xì)胞是高度動態(tài)且持續(xù)進(jìn)展的,多潛能性的na?ve和primed兩種狀態(tài)之前已經(jīng)有深入報(bào)道,但是對于兩種狀態(tài)之間的轉(zhuǎn)換過程的研究,卻仍然是不完整的。文章剖析了胚胎從著床前到著床后胚層分化的多能態(tài)轉(zhuǎn)變動力學(xué),通過對蛋白質(zhì)組、磷酸化蛋白質(zhì)組、轉(zhuǎn)錄組和基因組的綜合分析,發(fā)現(xiàn)磷酸化蛋白質(zhì)組的快速、急性和廣泛變化等特點(diǎn),先于基因組、轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組的有序變化。文章奠定了調(diào)控潛能性狀態(tài)轉(zhuǎn)變模型的基礎(chǔ),對多潛能性的多層控制提出了全新見解。
2 蛋白質(zhì)組學(xué)助力卵巢癌標(biāo)志物新靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)
該篇發(fā)表在Nature上的文章介紹了一種全新技術(shù):通過將激光捕獲顯微切割技術(shù)與基于Orbitrap的高靈敏蛋白質(zhì)組分析技術(shù)相結(jié)合,從11位高級別漿液性卵巢癌(HGSC)病人石蠟包埋組織中提取了107個(gè)癌癥與基質(zhì)細(xì)胞,隨后進(jìn)行蛋白質(zhì)組分析,指出與腫瘤轉(zhuǎn)移密切相關(guān)的成纖維細(xì)胞(cancer-associated fibroblast,CAF)中調(diào)控蛋白N-甲基轉(zhuǎn)移酶(N-methyltransferase(NNMT))是卵巢癌發(fā)生、發(fā)展以及轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵調(diào)控因子,可能成為全新治療靶點(diǎn),未來同樣可能為造福HGSC病人的福音。
2 非靶向代謝組學(xué)中質(zhì)譜結(jié)構(gòu)注釋有所突破
尿液代謝物經(jīng)常被用于許多臨床和生物醫(yī)學(xué)研究,但通常限于少數(shù)經(jīng)典化合物。其實(shí),代謝組學(xué)分析可以檢測到更多的代謝信號,可以用來精確定義個(gè)人的健康狀況。然而,許多化合物仍然未被鑒定,妨礙了得出相關(guān)生物化學(xué)結(jié)論。
在這篇文章中,F(xiàn)iehn Lab用基于HILIC-Q Exactive HF 質(zhì)譜和 C18-Q Exactive HF兩種非靶向代謝組學(xué)分析方法,檢測到的所有代謝物。檢測到9000多種代謝物,其中42%的化合物有MS/MS信息。采用標(biāo)準(zhǔn)品經(jīng)過精確質(zhì)量數(shù)、保留時(shí)間和二級信息鑒定了175種化合物。用一級和二級信息,鑒定到另外578個(gè)化合物。
2 FAIMS方法的多重定量表征與優(yōu)化
在定量蛋白質(zhì)組學(xué)中,同位素標(biāo)記法是提高蛋白組定量通量、精確度的有力技術(shù)。然而,定量的動態(tài)范圍和準(zhǔn)確度可能會因標(biāo)記肽段共隔離的限制,致使肽段釋放的報(bào)告離子被合并定量。通常采用在線或離線過濾的方式來減輕共隔離的干擾,但是往往會導(dǎo)致蛋白質(zhì)和肽段鑒定的缺失。為了解決這一問題,本文提出了一種高場非對稱波形離子遷移質(zhì)譜(FAIMS)方法,可以減少前體離子共流出、提高多重定量準(zhǔn)確度和動態(tài)范圍。在不犧牲蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量的前提下,FAIMS有力地提高了基于高分辨率MS2(HRMS2)和SPS-MS3的定量準(zhǔn)確度。經(jīng)過進(jìn)一步優(yōu)化條件,使FAIMS更加穩(wěn)健并提供參考方法,推動FAIMS進(jìn)一步提升同位素標(biāo)記定量的能力。
全新的Thermo Scientific?FAIMS Pro?接口
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